Dalam pemerintahan, ia juga pernah bertugas sebagai Staf Ahli (Sahli) Bidang Ketahanan Nasional di Kemenko Polhukam RI di tahun 2015.

Berselang dua tahun, ia menjadi Sekretaris Utama Badan Keamanan Laut RI pada tahun 2017.

Selain jabatan dan tugasnya, Agus Setiadji juga mendapat banyak tanda jasa yang tertempel diseragam bagian dadanya.

Tanda Jasa Laksdya (Purn) Agus Setiadji

- Satyalancana Kesetiaan VIII Tahun

- Satyalancana Kesetiaan XVI Tahun

- Satyalancana Kesetiaan XXIV Tahun

- satyalancana XXXII Tahun

- Satyalancana Dwidya Sistha

- Satyalancana WIra Nusa

- Satyalancana Dharma Nusa

- Satyalancana Dharma Nusa Ulangan pertama

- Satyalancana Dharma Samudra

- Satyalancana Wira Dharma

- Bintang Jalasena Nararya